Сюжет игры происходит в 1191 году во времена Третьего Крестового Похода. Из благословенной борьбы за освобождение Гроба Господня Поход превратился в личное противостояние предводителей христианского и мусульманского миров. Ричард Львиное Сердце после завоевания портового города Акра собирается нанести поражение Саладину в Иерусалиме. В это время Святую Землю разоряют наместники, почувствовавшие свою власть без административного контроля. Дабы вернуть мир, нужно устранить всех, кому выгодна война. За эту работу берется Альтаир, один из секты ассасинов, которым вам и придется управлять. Кроме самоотверженности, главный герой владеет разными видами холодного оружия для победы, собственным телом для скрытности в городском ландшафте, владеет интуицией для выбора подходящего момента, чтобы расправится с жертвой.