Игра повествует об Алексе Шепарде, который возвращается в туманный город Шепардс-Глен. Дома он приступает к поискам своего пропавшего брата Джошуа, которые приводят его в Сайлент Хилл. Попадая в альтернативные реальности, Алекс и его спутники сталкиваются с многочисленными монстрами. Ветка повествования раскрывает тайны прошлого главного героя и основателей города, а также освещает деятельность культа, совершающего ритуальные жертвоприношения
